Giải bóng đá hạng Ba toàn quốc năm 2008 đã thu hút sự tham dự của tổng cộng 23 đội bóng đại diện cho các Tỉnh, Thành, Ngành trên cả nước. Căn cứ theo vị trí địa lý, 23 đội bóng dự giải được chia làm 4 bảng, cụ thể như sau:

• Bảng A: Do Trung tâm đào tạo bóng đá trẻ Hải An VST làm bảng trưởng (thi đấu trên sân Trung tâm Đào tạo trẻ Nam Định), gồm 5 đội: Hải An VST, Hoà Phát Hà Nội, Thể Công Viettel, Vĩnh Phúc và Yên Bái.
  • Bảng A (do Sở VH-TT-DL Lạng Sơn làm bảng trưởng) gồm 6 đội: Lạng Sơn, Bộ Công an, CLB Hà Nội ACB, Truyền hình Bắc Giang, Vĩnh Phúc và Yên Bái.
  • Bảng B (do Sở VH-TT-DL Nam Định là bảng trưởng) gồm 6 đội: Nam Định, CLB Hoà Phát HN, Thanh Hoá, CLB Thể Công, CLB SHB Đà Nẵng và Pha Đin Quảng Ngãi.
  • Bảng C (do Trung tâm TDTT Thành Long TPHCM làm bảng trưởng) chỉ còn 5 đội tham dự là: Thành Long, Cà Mau, Long An, TMN CSG và Đăk Lăk.
  • Bảng D (do Sở VH-TT-DL Bà Rịa Vũng Tàu làm bảng trưởng) gồm 6 đội: Bà Rịa-Vũng Tàu, Trẻ TDC Bình Dương, Bình Phước, KonTum, Phú Yên và Maseco.

Theo điều lệ Giải, các đội sẽ thi đấu vòng tròn 1 lượt tại mỗi bảng chọn 4 đội dẫn đầu tại mỗi bảng vào thi đấu tại Bán kết. 2 đội giành chiến thắng tại vòng chung kết xếp đồng hạng nhất và giành quyền thi đấu tại giải hạng Nhì Quốc gia năm 2009.

Các trận đấu thuộc vòng loại sẽ diễn ra từ 10/10 đến 24/10/2008. Hai trận đấu thuộc vòng chung kết diễn ra vào ngày 30/10/2008.[2]